遅ればせながらメインの作業環境をMavericksにアップデート しました。Homebrewで入れたソフトがただしく動作しなかったので、brew listでインストール済みパッケージ一覧を確認し、再度インストールしました。

brew list > brew_list.text
for name in `cat brew_list.text`; do brew uninstall $name; done
for name in `cat brew_list.text`; do brew install $name; done

参考までに、20140721時点でインストールしているパッケージは以下の通りです。
とくにデータ解析用のCERN/ROOT (root)や画像ファイルを一括して処理するためのImageMagick (imagemagick)、Suzakuのデータ解析を高速化するためのHongoScripts (hongoscripts)等は必携です。hongoscriptsやcxxutilities等は、

brew tap yuasatakayuki/hxisgd 

としてtapを取り込むとインストールできるようになります。

インストール済みパッケージ一覧

a2ps
atk
atkmm
atomdbtools
autoconf
automake
automoc4
base64
bash
bdw-gc
bison
boost
boost-build
brew-cask
cairo
cairomm
ccsdslibrary
cfitsio
clhep
cloog-ppl015
cmake
ctags
cxxutilities
doxygen
epstool
faac
ffmpeg
flex
fontconfig
freetype
gcc47
gd
gdbm
gdk-pixbuf
gettext
git
glib
glibmm
gmp4
gnupg
gnuplot
gobject-introspection
graphicsmagick
groovy
gsl
gtk+
gtkmm
harfbuzz
hicolor-icon-theme
hongoscripts
icu4c
imagemagick
inkscape
intltool
jasper
jhead
jpeg
lame
libdvdcss
libevent
libffi
libmpc08
libpng
libsigc++
libtiff
libtool
libyaml
little-cms
little-cms2
lua
markdown
mecab
mecab-ipadic
mongodb
mongodbcppdriver
mpfr2
nkf
nmap
openssl
pango
pangomm
pcre
pixman
pkg-config
popt
ppl011
qpdf
qt
readline
root
rtmpdump
ruby
rubyfits
rubyroot
s-lang
scons
sfitsio
sllib
smcplibrary
spacewirermaplibrary
swftools
swig
texi2html
tmux
tree
wget
x264
xerces-c
xmlutilities
xrootd
xvid
xz
yaml-cpp
yasm